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12. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 11 | 9 | 2 | 0 | 39:4 | 35 | 31 |
| 2 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 11 | 9 | 2 | 0 | 31:3 | 28 | 29 |
| 3 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 11 | 8 | 3 | 0 | 37:5 | 32 | 27 |
| 4 |  | FK Ekranas | Ekranas | 11 | 6 | 2 | 3 | 24:8 | 16 | 19 |
| 5 |  | FK Atlantas | Atlantas | 12 | 5 | 2 | 5 | 18:16 | 2 | 17 |
| 6 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 11 | 5 | 0 | 6 | 10:20 | -10 | 15 |
| 7 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 11 | 4 | 2 | 5 | 11:12 | -1 | 14 |
| 8 |  | Banga Gargždai | Banga | 11 | 3 | 3 | 5 | 7:13 | -6 | 12 |
| 9 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 11 | 4 | 0 | 7 | 12:30 | -18 | 12 |
| 10 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 11 | 3 | 2 | 6 | 7:23 | -16 | 11 |
| 11 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 11 | 3 | 0 | 8 | 7:17 | -10 | 9 |
| 12 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 11 | 3 | 0 | 8 | 7:27 | -20 | 9 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 11 | 1 | 0 | 10 | 3:35 | -32 | 3 |
| 14 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
