Aufstellung FC Winterthur - FC Wohlen 0:0 | 17. Spieltag, Challenge League 2003/2004

#	Mannschaft	Mannschaft	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Pkt.
1	FC Schaffhausen	FC Schaffhausen	32	17	9	6	52:39	13	84
2	FC Vaduz	FC Vaduz	32	16	9	7	56:34	22	79
3	FC Chiasso	FC Chiasso	32	16	6	10	49:31	18	78
4	FC Malcantone Agno	FC Malcantone	32	16	7	9	48:38	10	73
5	FC Wohlen	FC Wohlen	32	12	14	6	46:39	7	72
6	FC Sion	FC Sion	32	13	11	8	47:33	14	70
7	Yverdon Sport FC	Yverdon	32	12	10	10	50:37	13	70
8	SC Kriens	SC Kriens	32	14	7	11	44:40	4	67
9	FC Concordia Basel	Concordia Basel	32	15	6	11	54:48	6	65
10	FC Luzern	FC Luzern	32	12	10	10	46:43	3	64
11	AC Bellinzona	AC Bellinzona	32	13	3	16	47:58	-11	56
12	FC Bulle	FC Bulle	32	9	10	13	42:54	-12	49
13	FC Meyrin	FC Meyrin	32	9	10	13	43:53	-10	47
14	FC Baden	FC Baden	32	9	4	19	38:57	-19	41
15	FC Winterthur	FC Winterthur	32	8	6	18	38:47	-9	40
16	FC La Chaux-de-Fonds	La Chaux-de-Fon	32	7	7	18	25:47	-22	36
17	SR Delémont	SR Delémont	32	6	7	19	37:64	-27	29

Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.
Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.