3. LigaFußball(M)
31. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | 1. FC Union Berlin | Union Berlin | 31 | 19 | 10 | 2 | 52:18 | 34 | 67 |
| 2 |  | SC Paderborn 07 | Paderborn | 31 | 17 | 7 | 7 | 53:29 | 24 | 58 |
| 3 |  | Fortuna Düsseldorf | Düsseldorf | 31 | 16 | 7 | 8 | 44:26 | 18 | 55 |
| 4 |  | SpVgg Unterhaching | Unterhaching | 31 | 16 | 6 | 9 | 47:39 | 8 | 54 |
| 5 |  | Kickers Emden | Emden | 31 | 13 | 9 | 9 | 38:33 | 5 | 48 |
| 6 |  | Bayern München II | Bayern II | 31 | 11 | 14 | 6 | 39:29 | 10 | 47 |
| 7 |  | Kickers Offenbach | Offenbach | 31 | 12 | 11 | 8 | 37:28 | 9 | 47 |
| 8 |  | Rot-Weiß Erfurt | RW Erfurt | 31 | 13 | 7 | 11 | 40:36 | 4 | 46 |
| 9 |  | SV Sandhausen | Sandhausen | 31 | 11 | 9 | 11 | 47:43 | 4 | 42 |
| 10 |  | VfB Stuttgart II | VfB II | 31 | 11 | 8 | 12 | 49:40 | 9 | 41 |
| 11 |  | Erzgebirge Aue | Aue | 31 | 10 | 10 | 11 | 36:35 | 1 | 40 |
| 12 |  | Eintracht Braunschweig | Braunschweig | 31 | 11 | 6 | 14 | 34:35 | -1 | 39 |
| 13 |  | Dynamo Dresden | Dresden | 31 | 10 | 9 | 12 | 36:38 | -2 | 39 |
| 14 |  | Jahn Regensburg | Regensburg | 31 | 8 | 11 | 12 | 28:42 | -14 | 35 |
| 15 |  | Wuppertaler SV | Wuppertal | 31 | 8 | 9 | 14 | 30:40 | -10 | 33 |
| 16 |  | FC Carl Zeiss Jena | Jena | 31 | 8 | 9 | 14 | 30:47 | -17 | 33 |
| 17 |  | VfR Aalen | VfR Aalen | 31 | 6 | 14 | 11 | 25:46 | -21 | 32 |
| 18 |  | Werder Bremen II | Werder II | 31 | 7 | 8 | 16 | 38:50 | -12 | 29 |
| 19 |  | Wacker Burghausen | Burghausen | 31 | 7 | 8 | 16 | 30:52 | -22 | 29 |
| 20 |  | Stuttgarter Kickers | Kickers | 31 | 5 | 10 | 16 | 32:59 | -27 | 25 |
- Aufstieg
- Relegation
- Abstieg
- Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.
- Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.
