3. LigaFußball(M)
20. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | SC Paderborn 07 | Paderborn | 20 | 13 | 3 | 4 | 38:21 | 17 | 42 |
| 2 |  | 1. FC Union Berlin | Union Berlin | 20 | 11 | 7 | 2 | 33:15 | 18 | 40 |
| 3 |  | Kickers Emden | Emden | 20 | 11 | 5 | 4 | 27:17 | 10 | 38 |
| 4 |  | Fortuna Düsseldorf | Düsseldorf | 20 | 10 | 4 | 6 | 28:16 | 12 | 34 |
| 5 |  | Kickers Offenbach | Offenbach | 20 | 8 | 8 | 4 | 27:18 | 9 | 32 |
| 6 |  | SpVgg Unterhaching | Unterhaching | 20 | 9 | 5 | 6 | 26:27 | -1 | 32 |
| 7 |  | Rot-Weiß Erfurt | RW Erfurt | 20 | 9 | 4 | 7 | 28:21 | 7 | 31 |
| 8 |  | Bayern München II | Bayern II | 20 | 6 | 12 | 2 | 24:20 | 4 | 30 |
| 9 |  | VfB Stuttgart II | VfB II | 20 | 7 | 6 | 7 | 35:26 | 9 | 27 |
| 10 |  | SV Sandhausen | Sandhausen | 20 | 6 | 7 | 7 | 29:28 | 1 | 25 |
| 11 |  | FC Carl Zeiss Jena | Jena | 20 | 6 | 7 | 7 | 24:28 | -4 | 25 |
| 12 |  | Eintracht Braunschweig | Braunschweig | 20 | 6 | 6 | 8 | 24:24 | 0 | 24 |
| 13 |  | Erzgebirge Aue | Aue | 20 | 6 | 6 | 8 | 25:29 | -4 | 24 |
| 14 |  | VfR Aalen | VfR Aalen | 20 | 4 | 11 | 5 | 17:24 | -7 | 23 |
| 15 |  | Dynamo Dresden | Dresden | 20 | 5 | 6 | 9 | 17:23 | -6 | 21 |
| 16 |  | Jahn Regensburg | Regensburg | 20 | 4 | 8 | 8 | 19:30 | -11 | 20 |
| 17 |  | Wacker Burghausen | Burghausen | 20 | 5 | 5 | 10 | 24:38 | -14 | 20 |
| 18 |  | Wuppertaler SV | Wuppertal | 20 | 4 | 6 | 10 | 18:31 | -13 | 18 |
| 19 |  | Werder Bremen II | Werder II | 20 | 4 | 4 | 12 | 26:35 | -9 | 16 |
| 20 |  | Stuttgarter Kickers | Kickers | 20 | 2 | 8 | 10 | 24:42 | -18 | 14 |
- Aufstieg
- Relegation
- Abstieg
- Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.
- Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.
